奇迹的开端

不相信神明的高中生「上终瓜生」，他无依无靠，从小在孤儿院长大。但有一天，他找到了寄养家庭。立志考入京都大学医学系的瓜生因此感到高兴，觉得终于可以安心学习了。然而领养他的家庭居然是一座神社，里面还住着与自己同龄、个性鲜明又可爱的巫女三姐妹「甘神夜重」「甘神夕奈」「甘神朝姫」。瓜生因此被陷入了与巫女三姐妹共同生活的混乱之中……