动荡的世界

草薙号和大天使号到达宇宙，前者已顺利完成对接，机组人员为了进行补给和整备，前住因战乱而变成废墟的L4殖民卫星群。
与此同时，拉克丝继续进行秘密反抗活动，向PLANT的市民进行地下广播，影响力之大，就连萨拉议长也感到棘手，并出动MP搜索她的下落，却空手而回。
另一方面，地球上，联合军虽然没能成功夺取奥布的质量加速器，但却夺回了维多利亚基地，开通前往宇宙的途径。击破札夫特军MS部队的地球军乘胜追击，开始将以新型MS部队为主的物资，通过质量加速器逐一射上太空，准备展开大规模侵略作战。阿兹拉埃尔凭着手上三台高达的作战记录，发现自由高达和正义高达拥有的非凡动力的秘密，于是计划将其夺走。
身处大天使号的阿斯兰，坚定了自己的意志，为了问出父亲的真正心意，决定只身前往PLANT。