新道馆馆主・黑连！

小智到达了据闻建立了新道馆的桧扇市，而这间新道馆竟然与宝可梦训练家学校合二为一！不过兼任老师的道馆馆主黑连只是刚刚取得资格，而且道馆还未准备好。另一方面，牙牙和皮卡丘走进了广播室，不小心让全学校的广播器发出刺耳的声音，更令神宝之家的宝可梦们逃了出来！小智、艾莉丝和天桐分头寻找走失了的宝可梦，究竟会发生什么事？接著，小智的水水獭和黑连的忠犬宝可梦哈约克对战，最后谁胜谁负？