帝牙卢卡与帕路奇亚！时空大决战!!

小智和他的同伴们正在进行调查，以解开神奥地区一系列宝可梦被拐走事件的谜团。
在调查过程中，来到了另一个世界，和他们所处的世界一模一样。
在那个世界里，宝可梦和人类的时间回退到了过去。
据说事件可能与掌管时空的传说宝可梦帕路奇亚和帝牙卢卡有关... ... ？
小智他们能拯救神奥地区的危机吗?