秘密之池！好多水跃鱼!?

为了打败武斗道馆的道馆馆主藤树，持续旅行的小智一行人把锻炼自己和寻找珍奇的宝可梦当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和“沼鱼宝可梦”水跃鱼以及沼泽的主人认识，他们得知这里是专门培育水跃鱼蛋的地方，孵化后的小水跃鱼将会被运送到培育的地方专门培育后再送给宝可梦训练家初学者，但这只水跃鱼却是野生的。正当小刚对这些事情倍感兴趣时，打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！到底小智一行人得怎样面对这个危机？并且保护水跃鱼群们呢？