天气研究所的飘浮泡泡！

在途中的小智一行人突然遇到了奇怪的天气。这时，他们看见了一只奇怪的宝可梦——飘浮泡泡。这里怪异的天气是附近的天气研究所造成的，研究所的所长前来邀请小智一行人来研究所参观。正在他们在机械室参观时，海洋队突袭研究所，将研究所周围的研究员和一旁观望的火箭队一起抓了起来并企图从主机盗取超古代宝可梦的资料。逃过一劫的小智一行人和研究员咪莉能否阻止海洋队的阴谋？