盆才怪国王与魔尼尼皇后!?

结束了乘船旅行的小智一行人向第六个对战设施对战塔的所在地美木实镇前进。像往常一样，火箭队今天又来抢小智的皮卡丘了，然而今天因为小遥的小卡比兽利用挥指使出了沙暴，造成了一场混乱，大家和宝可梦们失散了。皮卡丘和小刚的盆才怪跟火箭队的喵喵以及小次郎的魔尼尼被一伙穿黑衣的不明人士追逐，吓得它们四处逃。与此同时，小智在路上跟一只盆才怪和一只魔尼尼相撞，但是它们好像跟他们要找的不太一样……