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危機を脱したヤマト。補給のために立ち寄った惑星ビーメラ４は地球に近い環境を有しており、人類移住に適した星だった。古代たちが惑星調査に向かう間に、＜ヤマト計画＞の実現性に疑いを持つ一派がついに反乱を起こす。一方、古代たちは、不時着した異星船を発見する。