站起来Z合体！关原全力战！！

阿伯特按照父亲的设计图制造的“新干线战士Z N700S希望号”和“载莱纳 HC85飞弹”的Z合体测试失败了。再这样下去无法追上父亲而焦急的阿伯特，被岛带去参观父亲曾经的工作场所。那里是，承担铁路技术革新、作为先导的“铁道综合技术研究所”。此时，关原出现巨大怪物体。等待新干线战士Z的，是苍玉设下的无数敌人。