结缘甘神神社

在孤儿院长大的男高中生「上终瓜生」，以考上京都大学医学系并成为医生为目标奋斗着。
有一天，他被通知自己到了需要离开孤儿院去别家借住的年纪，因而寄住到了远方亲戚家的「甘神神社」。本来只是想要一个能唸书的环境，没想到借住的条件竟然是「入赘继承神社」！而结婚的候补对象就是神社的巫女三姊妹！
早熟的「甘神朝姬」、态度尖锐的「甘神夕奈」、冒失单纯的「甘神夜重」。与个性迥异的三姊妹相处，让瓜生的生活变得波澜万丈。等待他们的究竟是新的化学反应？还是神明的奇迹？